Ab dem 19. Jahrhundert begann man, einzelne Wirkstoffe aus Pflanzen gezielt zu isolieren – ein Beispiel ist Aspirin, das aus der Weidenrinde gewonnen wurde. Durch ihre definierte und belegbare Wirksamkeit kam es zur überwiegenden Verordnung von synthetischen Arzneimitteln und die Phytotherapie wurde in den Hintergrund gerückt. Aber auch wenn die Behandlung mit Naturheilmitteln und Naturheilverfahren sowie deren Erforschung abnahm, blieben sie an einigen Universitäten und anderen klinischen Institutionen, vor allem aber in der Praxis, ein wichtiger Bestandteil in der konventionellen Medizin.
Zwischenzeitlich wurde erkannt, dass der medizinische Fortschritt in der zweiten Hälfte des 20. Jahrhunderts überproportional der Akutmedizin zugute kam, nicht aber dem großen Anteil der chronisch erkrankten Patienten, wo wir ärztlicherseits die Phytotherapie dringend benötigen. Heutzutage wird die Phytotherapie in der Schulmedizin wieder immer mehr angewendet. Sie wird sehr breit auf gesicherter wissenschaftlicher Grundlage eingesetzt, wie zB die Verordnung von Fencheltee nach abdominellen Eingriffen oder Johanniskraut bei leichten bis mittelschweren Depressionen.
Heute verbindet die Phytotherapie wissenschaftliche Forschung mit traditionellem Wissen, um Heilpflanzen gezielt und wirksam in der Medizin einzusetzen.